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进入21世纪以来,随着人类基因组计划的完成,非编码核糖核酸(non-coding RNA,ncRNA)逐渐成为生命科学领域的研究热点。自2000年以来,非编码RNA的相关研究连续多次入选Science杂志年度十大科学突破。此后,美国等国家联合开展了DNA元件百科全书(encyclopedia of DNA elements,ENCODE)计划,系统研究非编码DNA及其产物非编码RNA的结构、功能和调节作用,并进行解析与注释。2012年9月,ENCODE计划前两个阶段的完成,完善了人们对基因组功能元件结构和功能的基本认识。随着研究的开展,越来越多的非编码RNA被发现,包括微RNA(microR-NA,miRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和环形RNA(circu-lar RNA,circRNA)等。研究已经证明非编码RNA在生命中承担着重要功能,参与了胚胎发育、干细胞维持、细胞分化、代谢、信号转导、免疫应答、癌症、衰老等几乎所有生理或病理过程的基因表达调控。
本报告通过对非编码RNA的相关计划、资助、文献进行分析,梳理非编码RNA领域的发展方向,同时对美国、日本、中国、欧盟出台的重要规划、系列资助、学科布局进行分析,提出我国在该领域的发展建议。
随着各国不断推出非编码RNA重大计划与资金资助,该领域正在蓬勃发展。在人类基因组计划完成后,欧盟提出“RNA调控网络与健康和疾病”计划分工协调发展欧洲整体的RNA基础与应用研究以确立欧洲在RNA领域的领导地位,通过欧洲框架计划与地平线2020(Horizon 2020)计划展开对该领域的资助。随后,美国牵头启动了ENCODE计划以迎接后基因组时代的到来,以美国国家科学基金会(National Science Foundation,NSF)和国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)为主导机构进行资助。日本也同样启动了功能RNA研究项目、哺乳动物基因组功能注释计划等重要研究,通过科学文部省和科学技术振兴委员会资助理化学研究所和国立遗传学研究所等重点机构。我国在《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020年)》中体现了对非编码RNA研究的重视,此后的“十一五”“十二五”时期的各项规划也贯彻落实了该领域的重点前沿方向布局,通过科技部和基金委形成以国家重点基础研究发展计划、国家重大科学研究计划、国家高技术研究发展计划和国家自然科学基金等为代表的有层次、有重点、有计划的持续性资助。
通过对非编码RNA领域的文献计量分析发现,非编码RNA的学科研究历程总体上可以分为萌芽阶段、发展阶段和快速增长阶段。通过近年论文发表数量的比较,美国在该领域的发文数量遥遥领先,中国紧随其后,日本超过德国位居第三,韩国赶超英国、法国,跃居第五位。通过对机构的学术影响力水平分析,中国科学院和上海交通大学跻身全球发文数量领先机构,我国机构学术影响力相对较低,学术整体水平有待进一步提升。根据近年的关键词与突发词展开学术前沿剖析,其热点研究方向主要集中在非编码RNA的系统识别与鉴定、细胞分化和发育中非编码RNA的结构与功能、表观遗传中的非编码RNA调控、非编码RNA与疾病关联、信使RNA的可变剪接、非编码RNA基因资源与相关技术及其应用等方面。
通过与其他国家在此学科上的对比分析,建议我国在当前科技体制改革的大背景下,将非编码RNA纳入“国家重点研发计划”,并明确学科的研究目标与方向,还要综合考量配套基础设施的配置、区域性研究网络的构建及研究型人才的培养等因素的影响。在发展我国研究优势的同时,研发该领域的相关技术。最终,在非编码RNA基础研究的基础上,结合临床诊疗的需求,开展转化医学研究,开发以非编码RNA为基础的治疗药物、高效疗法等新型治疗模式。
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